分子实验介绍——荧光定量pcr检测

荧光定量pcr是检测生物样品中rna含量的普遍的方法，通过荧光染料或荧光标记的特---的探针，对pcr产物进行标记---，实时在线监控反应过程，结合相应的软件可以对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度。目前主要使用sybr green和taqman法对rna含量进行检测。用1ml70%---洗涤沉淀物1次，离心12000rpm，5min。sybr green在低样本量时成本较低，目前选用的较多。

sybr green i是一种只与dna双链结合的荧光染料。当它与dna双链结合时，发出荧光；从dna双链上释放出来时，荧光信号急剧减弱。因此，在一个体系内，其信号强度代表了双链dna分子的数量。sybr green荧光染料法定量pcr的基本过程是：1、开始反应，当sybr green染料与dna双链结合时发出荧光。2、dna变性时，sybr green染料释放出来，荧光急剧减少。3、在聚合延伸过程中，引物退火并形成pcr产物。4、聚合完成后，sybr green染料与双链产物结合，定量pcr系统检测到荧光的净增量加大。银染法对凝胶进行染色(1)固定(2)清洗(3)增敏(4)清洗(5)染色(6)清洗(7)显影(8)定影(9)水洗3。

实验流程：细胞或组织rna提取-rna浓度检测-rna逆转录-定量pcr检测。

结果示例：

图 a 基因扩增曲线图；b 基因扩增溶解曲线图；c mrna相对表达量变化

从图中可以扩增曲线可以看出目的rna扩增效果，溶解曲线可以看出引物识别特---情况，通过使用δδct方法计算可以得到每个组中目的mrna表达变化。

基因组甲l基化水平(methyl ati on content)的分析:

1.高l效液相色谱(hi gh-performanceli qui dchromatography, hplc)hplc是- -种比较传统的方法,是根据dna或蛋白分子量和构象的不同而使其加以分离。由于在动态相和静态相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。随着系统的压强的增加，其分辨率增l高。故而能够定量测定基因组整体水平dna甲l基化水平。该方法由ruo等1980年首l次---。过程是将dna样品先经---或氢l氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，结果与标准品比较，用紫外光测定吸收峰值及其量，计算5 mc/(5mc+5c)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。所有样品4c离心，转速:13500转1分钟，时间:15min。这是一种检测dna甲l基化水平的标准方法。

2.高l效毛细管电泳法(hi gh-per formance capillary electrophoresis, hpce)这是一-种利用窄孔熔融石英毛细管来从复合物中分离不同化学组分的技术。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷，大小，结构以及疏水性等不同而相互分开。用hipce方法处理dna水解产物来确定5mc水平，简便，经济且敏感性高。往每个ep管中加入250ul，剧烈震荡30s，冰上静置12min[问l。

二、操作步骤：

1. 所有在纯化系统里使用的溶液当日都需要经过 0.22μm 的滤膜抽滤、脱气处理；保存 4℃ 冰箱里的缓冲液若要在室温使用需恢复至室温后抽滤脱气；

2. 样品上柱纯化前，需先滤膜过滤，少量样品可用离心（13000rpm，10min）；

3. 依次用水、缓冲液洗泵；设置流速和柱前警报压（压力值参阅层析柱及填料说明书，取较小的一个大耐受压力）。防止柱中进入气泡，影响分离效果；

4. 当柱子限压在 0.3mpa，或者在限压状态---速很低时，ph valve 中的 restirtor 可以切换成 off line，即显示 by-pass 状态；

5. 当需要通过仪器上样环上样时，将 w1 阀口处换成带透明短软管的阀门，从此处阀门位通过倒吸样品上样；

6. 进样阀「inject」为上样状态。上样结束可将进样阀切换回「load」状态。并用纯水认真清洗上样环至少 3 次；将 w1 阀口处换回原来接头阀门。

7. 纯化结束后，用纯水清洗泵和平衡柱子；再用 20% 的---清洗泵以及系统。长期不用，层析柱应保存在 20% 的---中，泵放置在 20% ---中；

8. 实验结束后及时倾倒废液瓶里的废液；

11.如何溶解引物？

答：干燥后的引物质地非常疏松，开盖前好离心一下，或管垂直向上在桌面上敲敲，将引物粉末收集到管底。根据计算出的体积加入去离子无菌水或10mm tris ph7.5缓冲液，室温放置几分钟，振荡助溶，离心将溶液收集到管底。溶解引物用的水一般不要用蒸馏水，因为有些蒸馏水的ph值比较低（ph4-5）,引物在这种条件下不稳定。(2)等电---完毕后(约需24hr），若不立即进行第二相电泳，胶条可夹在两层塑料薄膜中于-70℃保存数月。

12.如何保存引物？

答：引物合成后，经过一系列处理和纯化步骤，旋转干燥而成片状物质。引物在溶解前，室温状态下可以长期保存。溶解后的引物-20度可以长期保存。如果对实验的重复性要求较高，合成的od数较大，建议分装，避免反复冻融。修饰荧光引物需要避光保存。