jia基化特---的pcr
herman 等( 1996 )在使用重---酸盐处理的基础上新建的一种方法。该方法敏感性高,主要用于作定性研究。用------盐处理基因组dna,所有未发生jia基化的胞嘧定被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不变;随后设计针对jia基化和非jia基化序列的引物进行pcr。通过电泳检测msp扩增产物,如果用针对处理后jia基化dna链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在jia基化;反之,说明被检测的位点不存在jia基化。
特点:适用范围广,能够检测特异位点是否发生jia基化。
------盐测序法(bisulfite sequencing pcr,bsp)
------盐修饰后测序法( bsp ) frommer 等( 1992 )提出的研究 dna jia基化方法,此方法---性及jing确度高,能明确目的片段中每一个 cpg 位点的jia基化状态。用------盐处理基因组dna,所有未发生jia基化的胞嘧ding被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧ding不变。随后设计bsp引物进行pcr,在扩增过程中尿嘧定全部转化为胸腺嘧定,zui后对pcr产物进行测序就可以判断cpg位点是否发生jia基化,称为bsp-直接测序法。将pcr产物克long至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为bsp-ke隆测序法。
特点:jing确度高,能够准确检测出jia基化的程度百分比。
分子生物学服务
公司建有100平米分子实验室,分子生物学服务,配备有pcr仪、定量pcr仪、电泳仪、恒温培养箱、恒温摇床、垂直电泳仪、蛋白转印仪、蛋白发光成像仪等设备。分子组---毕业于农业大学、华中科技大学同济医学院、浙江理工大学等高校生物医学相关,全部具有硕士研究生以上---,熟练掌握分子生物学相关实验,可开展多种分子生物学检测服务。
dna测序检测
1. pcr测序反应
(1)取0.2ml的pcr管,用记号笔编号,将管插在颗粒冰中,按下表加试剂:
所加试剂测定模板管标准对照管
bigdye mix
1μl
1μl
待测的质粒dna
1μ 1
pgem-3zf (+)双链dna
-1μ1
待测dna的正向引物
1μ 1
m13(-21)引物- 1μ 1
灭菌去离子水
2μ 1
2μ 1
总反应体积5μ 1,不加轻矿物油或石蜡油,盖紧pcr管,用手指弹管混匀,稍离心。
(2)将pcr管置于9600或2400型pcr仪.上进行扩增。98c变性2min后进行pcr循环,
pcr循环参数为96c 10s, 50c 5s, 60°c4min, 25 个循环,南京分子生物,扩增结束后设置4c保温。
2.---法纯化pcr产物
(1) 将混合物离心,将扩增产物转移到1.5ml ep管中。
(2)加入25μ 1/---混合液,充分振荡,置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于
4c离心30 min,小心弃上清。
(3)加70%(v/v)的---50μ 1 洗涤沉淀2次。12 000r/min 于4c离心5min,分子生物学实验技术,小心弃上清和
管壁的液珠,真空干燥沉淀10~ 15min。
3.电泳前测序pcr产物的处理。
(1)加入12μ 1的tsr于离心管中,分子生物学试剂,剧烈振荡,让其充分溶解dna沉淀,稍离心。
(2)将溶液转移至盖体分离的0.2ml pcr管中,稍离心。
(3)在pcr仪上进行热变性(95c 2min),冰中骤冷,待_上机。
4..上机操作按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立
运行的测序顺序文件。
5.仪器将自动进行序列分析,并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知,可通过
序列比较以星号标出差异碱基处,提高工作效率。
6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与保养。
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