分子生物学研究领域-南京分子生物-英瀚斯

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lncrna测序

长链非编码rnas(long non-coding rnas,lncrnas)一般是指长度大于200 nt的rna,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以rna形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。

长链非编码rna测序(long non-coding rna sequencing,lncrna-seq)是一种使用特定方法降低样本中rrna 的丰度,对富集到的 rna进行---构建,分子生物学研究领域,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncrna-seq可---获得样本中全部的lncrnas信息,对lncrnas的类别、功能进行的深入分析,分子生物服务,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、---等)相关 lncrna信息。









外显子测序

外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组dna进行高通量测序,它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止,已有超过1万个外显子组被测序。

如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂,包括罗氏nimblegen、安捷伦、illumina,还有现在的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在上。研究人员利用安捷伦、illumina和nimblegen的外显子组测序平台对同一个人类---样品进行分析。他们的结 果表明,nimblegen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台,尽管覆盖了较少的基因组区域,但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也少。在同样获得80m测序数据的情况下,nimblegen有97%的目标序列达到10x以上的测序---,而其他产品只有90%。而安捷伦和illumina的探针能够在低密度下捕获更多数量的变异。此外,illumina还捕获了未翻译的区域,这是nimblegen和安捷伦平台无法靶定的。研究人员还比较了同一样品的外显子组测序和全基因组测序(wgs),显示外显子组测序能够检测到wgs错过的小变异。

除了文中提到了三个主流平台,南京分子生物,外显子组捕获方面的新产品也在不断推出,研究人员的选择也将更广泛。罗氏nimblegen即将推出新一代的外显子液相捕获产品。这一新产品将可捕获64m的基因组序列,包括外显子以及mirna,它含与其他nimblegen液相捕获产品相同的2.1m高密度探针,以高xiao、均一、特异、的定向捕获。




分子实验介绍——荧光检测

细胞荧光染色是以荧光物质标记而进行抗原定位的技术。在细胞中,通过特定的标记,可以检测目的蛋白表达量和表达定位。是细胞中的可直观观察细胞内蛋白定位和表达的实验方法。

实验流程:细胞固定-细胞膜破膜-蛋白封闭-目的蛋白结合-荧光二抗结合-dapi染色-荧光显微镜拍照或激光共---显微镜拍照。

结果示例:



细胞荧光染

通过观察细胞中蛋白的荧光强度和定位分析该蛋白的表达变化。


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