全转录组测序
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和,包括mrna和各种noncoding rna。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络,如果只是对某个单一rna分子的研究,有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源rna(cerna)理论阐述了一种全新的转录调控模式:cerna(包括lncrna、circrna、mrna、假基因等)分子能够通过mirna应答元件(microrna respe element, mre)竞争性地结合相同的mirna来调节彼此的表达水平。举个例子:mirna会导致基因沉默现象发生,南京分子生物,而如果lncrna竞争性结合了mirna,从而影响了mirna基因沉默功能实现。
cerna是目前转录调控领域的---内容之一,通过全转录组研究能够系统性的阐述cerna的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序---分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna、mirna各自的研究内容,靶向调控网络、cerna网络、共表达网络分析可以将这几种rna联合起来分析,从而发现新的调控网络模型。去除rrna的链特------,含有的rna信息含量十分丰富,通过测序和生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna的鉴定及注释信息。不过该---构建时会进行片段化选择从而滤掉了small rna的信息,所以需要另外再构建一个small rna---,进行测序分析后可以得到mirna和其他small rna的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示:
转录组测序
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的rna的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不相同的。转录组测序(rna-seq)是指利用第二代高通量测序技术进行cdna测序,分子生物学检测多少钱,快速地获取某一物种特定qi官或组织在某一状态下的转录本。相对于传统芯片而言,rna-seq无需预先设计探针,即可对物种的细胞类型的转录组进行检测,能够提供较的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的---工具。
microrna芯片:
rna干扰(rna interference, rnai)现象是一种进化上保守的抵御---或外来---qin犯的防御机制。将含有靶基因mrna同源互补序列的rna(double strand rna, dsrna)导入细胞后,能够特异地识别该mrna,引起mrna的降解,分子生物学检测包括什么,从而导致相应的功能缺失。rnai提供了一种经济、快捷、gao效的抑制特异基因表达的技术手段,该技术已被广泛用于研究基因功能和chuan染性---及恶xingzhong瘤基因zhi疗领域。目前常用的rna干扰手段为mirna、 shrna和sirna等。
mirna是一类可以通过rnai机制调节基因表达的内源性小rna,人工mirna与shrna的设计原理基本相同,由于mirna具有内源性,分子生物检测技术,因此其更易产生有效的基因沉默。
技术流程:
dsrna或pre-mirna被导入细胞后,能够被一种特异的---内切酶(dicer)识别并切割成为小片段,这些片段在rna解旋酶的作用下解链。继之反义链在与体内一些酶(包括内切酶、外切酶、解旋酶等)结合形成rna---的沉默复合物(rna-induced silencing complex,risc),risc与mrna同源区进行特---结合,若mirna与mrna的结合位点配对,则切割mrna;若mirna与mrna的结合位点不配对,则抑制mrna的翻译。
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