南京dna测序检测实验-英瀚斯

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    2020-11-8

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染色质免l疫共沉淀技术(chip)

基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析chr omat in immunoprecipitat ionassay kit, chip)技术可以真实、完整地反映结合在dna序列上的调控蛋白。由于chip采用甲醛固定活l细胞或者组织的方法,因此能比较真实的反映细胞内tf与promoter的结合情况,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。近年来,这种技术得到不断的发展和完善。采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性,蛋白提取公司,是深入分析癌l症、心血l管病以及中央神经系统紊乱等---主要通路的一-种非常有效的工具。

染色质免l疫沉淀分析(chip) 的基本原理是在活l细胞状态下,当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白、蛋白与---(dna或rna)之间会产生共价键。细胞内,当f与promoter相互结合时,它们必然靠的比较近或者契合在一起,这个时候用甲醛处理,能使它们之间产生共价键。固定的蛋白质dna复合物通过超声或酶处理将其随机切断为-定长度范围内的染色质小片段然后通过抗原抗l体的特---识别反应沉淀此复合体,特---地富集目的蛋白结合的dnal片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与dna相互作用的信息。通过qpcr或二代测序,筛选与目的蛋白互作的未知dna信息。









分子与质粒载体构建


实验原理

外源dna与载体分子的连接就是dna重组,这样重新组合的dna叫做重组体或重组子。重组的dna分子是在dna连接酶的作用下,有mg2+、atp存在的连接缓冲系统中,将分别经酶切的载体分子与外源dna分子进行连接。dna连接酶有两种:t4噬菌体dna连接酶和大肠dna连接酶。两种dna连接酶都有将两个带有相同粘性末端的dna分子连在一起的功能,而且t4噬菌体dna连接酶还有—种大肠连接酶没有的特性,即能使两个平末端的双链dna分子连接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接效率低,一般可通过提高t4噬菌体dna连接酶浓度或增加dna浓度来提高平末端的连接效率。

t4噬菌体dna连接酶催化dna连接反应分为3步:,t4dna连接酶与辅助因子atp形成酶—amp复合物;然后,酶—amp复合物再结合到具有5’磷酸基和3’---切口的dna上,使dna腺苷化;后产生一个新的磷酸二酯键,把切口封起来。

dna重组的方法主要有粘端连接法和平端连接法,为了防止载体本身的自连,可以通过(牛碱性磷酸酶)cip处理克服。

连接反应的温度在37℃时有利于连接酶的活性.但是在这个温度下,粘性末端的氢键结合是不稳定的。因此人们找到了一个折中温度,即12-16℃,连接12-16h(过夜),这样既可大限度地发挥连接酶的活性,又---到短暂配对结构的稳定。




southern杂交

实验原理

      southern印迹杂交(southern blot)是1975年由英---southern创建,是研究dna图谱的基本技术。southern印迹杂交是进行基因组dna特定序列定位的通用方法。一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经---性内切酶---的dnal片段,将胶上的dna变性并在原位将单链dnal片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放l射自显影或酶反应显色,从而检测特定dna分子的含量。







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