染色质免l疫共沉淀技术(chip)
基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析chr omat in immunoprecipitat ionassay kit, chip)
染色质免l疫沉淀分析(chip) 的基本原理是在活l细胞状态下,当用甲醛处理时,延安pcr,相互靠近的蛋白
3、参数设置
使用488nm激发波长,525nm发射波长,实时或逐时间点检测---前后荧光的强弱。dcf的荧光光谱和fitc非常相似,可以用fitc的参数设置检测dcf。dcf的激发光谱和发射光谱参考下图。
4、其它说明
阳性对照可以按照1:1000的比例使用。例如装载好探针的细胞共1毫升,可以加入1微升的阳性对照---。通常---后20-30分钟内可以观察到非常---的活性氧水平升高。对于不同的细胞,活性氧阳性对照的效果可能有较大的差别。如果在---后30分钟内观察不到活性氧的升高,可以适当提高活性氧阳性对照的浓度。如果活性氧升高得过快,可以适当降低活性氧阳性对照的浓度。
另外,对于某些细胞,如果发现没有---的阴性对照细胞荧光也比较强,可以按照1:2000-1:5000稀释dcfh-da,使装载探针时dcfh-da的浓度为2-5微摩尔/升。探针装载的时间也可以根据情况在15-60分钟内适当进行调整。
15.测序发现引物有突变是怎么回事?
答:测序发现引物区域有突变,---是40个碱基以下的引物, 发生的概率不大,但是肯定也会发生。用户一般可以放心,引物序列一般都是通过电脑直接将您的序列copy到合成仪的,碱基输错的机会不多。---合成公司一般会有一套控制办法,预防碱基输入错误。发生这种突变的原因有很多解释,人们还没有办法解决这个问题。引物合成的固相合成原理都一样,采用的机器也基本相同,合成主要原料都是由可数的几家跨国公司提供的,所有每个合成服务商遇到的问题也基本类似,没有人可以超脱。
引物合成是一种多步骤的化学反应,合成也就是99%,副产品不可以避免。引物序列中插入突变往往是碱基重复,一般认为,偶连过程中,正在偶连的部分单体发生丢失dmt,导致单体又接了上去,故发生插入同一碱基的突变。至于缺失突变,一般认为是一般认为是带帽(capping)反应不造成的,caping反应主要是封闭数5′----没有参加反应单体。---闭的引物,实时荧光定量pcr,在下一轮偶连时将不能继续参与合成。对于碱基置换的突变,产生的原因一般认为是碱基不能100%脱保护,即引物上可能含有残留保护基团,引物的这些区域不能---地与互补链配对,当扩增的产品被亚转化到大肠中,可能被---中修复系统补上了非配对的碱基。置换突变通常发生在g 转换成其它碱基。碱基g在一定条件下可以转化为烯醇异构体 (脱呤),2,6 diaminopurine , dna和扩增过程中dna聚合酶将2,6 diaminopurine看作碱基a,测序就会发现碱基g-a置换。脱呤现象在富含呤的引物中发生的频率较高。脱呤的引物在引物后处理脱保护阶段如果被降解,pcr检测,测序就会发现碱基g或a的缺失。
引物合成过程中,造成碱基插入,缺失,fish检测,置换突变的因素客观存在,有不少降低发生的频率建议和措施,但是这些措施还停留在实验室阶段,还没有能够应用到规模化生产中。
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