rna提取预备工作
rna酶(rnase)是导致rna降解主要的物质。此酶非常稳定,在一些的条件下只可暂时失活,但---因素去除后又迅速恢---性。常规高温高压灭菌方法和蛋白抑制ji不能使所有的rnase完全失活。
1.它广泛存在于人的皮肤上,因此制备rna时必须戴手套
2.rnase的又一污染源是取液器。根据取液器制造商的要求对取液器进行处理。一般情况下采用以depc配制的70%---擦洗取液器的内部和外部,可基本达到要求。
3. 塑料制品、玻璃和金属物品的处理
(1)塑料制品:尽量使用---无菌塑料制品。已标明rnase-free的塑料制品,如没有开封使用过,通常不必再处理。
7.如何检测引物的纯度?
答:实验室方便的作法是用page方法。使用加有7m尿素的16%的聚---凝胶进行电泳。取0.2-0.5od的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,实时定量pcr,容易加样。600v电压进行电泳,荧光定量pcr,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光tlc板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,贵州pcr,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用eb 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供maldi-tof质谱qc控制,从而保障了合成的准确率:
bioneer使用多重maldi-tof质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。bioneer是上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用maldi-tof质谱仪检测进行核苷酸qc检测的厂商,而且免费提供质谱数据。
8.如何计算引物的浓度?
答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:v (微升)= od数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。
注意:1 od260= 33 ug/ml.
基因组甲l基化水平(methyl ati on content)的分析:
1.高l效液相色谱(hi gh-performanceli qui dchromatography, hplc)hplc是- -种比较传统的方法,是根据dna或蛋白分子量和构象的不同而使其加以分离。由于在动态相和静态相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。随着系统的压强的增加,其分辨率增l高。故而能够定量测定基因组整体水平dna甲l基化水平。该方法由ruo等1980年首l次---。过程是将dna样品先经---或氢l氟酸水解成碱基,水解产物通过色谱柱,结果与标准品比较,pcr检测,用紫外光测定吸收峰值及其量,计算5 mc/(5mc+5c)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。这是一种检测dna甲l基化水平的标准方法。
2.高l效毛细管电泳法(hi gh-per formance capillary electrophoresis, hpce)这是一-种利用窄孔熔融石英毛细管来从复合物中分离不同化学组分的技术。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷,大小,结构以及疏水性等不同而相互分开。用hipce方法处理dna水解产物来确定5mc水平,简便,经济且敏感性高。
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