转录组重测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mrna的总和。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够快速的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于---诊断、基础研究和研发等领域。
转录组resequencing针对的是有参考基因组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定组织或细胞进行转录组测序,与参考基因组比较,可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。
rna提取及注意事项
研究基因的表达和调控时,需要从组织或细胞中分离纯化rna。rna的高低经常影响rt-pcr、cdna库构建和northern blot等分子生物学实验的成败。
主要试剂
trizol是一种新型总rna抽提试剂,内含异---胍等物质,pcr,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的---酶。
1.
trizol试剂含有,pcr引物设计,具有毒性和---性,注重操作。
2.
rnase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉,注重配带手套,样品尽可能盖严。
3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率,因为一部分rna会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质(结缔组织和骨除外)。在清洗和裂解细胞时在低温下操作,pcr实验室,防止在操作过程中释放的内源rnase降解了rna。
4. 酵母和一些---由于细胞壁的---结构,可以加入trizol试剂同时加入无rnase的玻璃珠并剧烈振荡,使细胞裂解充分。
2-8℃ 避光保存一年。
emsa实验
emsa:凝胶迁移或电泳迁移率检测是一种检测蛋白质和dna序列相结合的技术,初用于研究dna结合蛋白和其相关的dna结合序列相互作用,可用于定性和定量分析。分为2种类型:同位素标记探针,非同位素标记探针。
通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32p同位素标记的dna或rna探针一同保温,在非变性的聚bing烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针。dna-复合物或rna-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同,可是双链或者是单链。当检测如转录调控因子一类的dna结合蛋白,可用纯化蛋白,部分纯化蛋白,或核细胞抽提液。在检测rna结合蛋白时,pcr,依据目的rna结合蛋白的位置,可用纯化或部分纯化的蛋白,也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的dna或rn片duan和gua核苷酸片段(特异),和其它非相关的片段(非特异),来确定dna或rna结合蛋白的特---。在竞争的特异和非特异片段的存在下,依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
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