20.primer设计的基本原则是什么?
答:引物设计的下列原则供您参考。
◆引物长度一般在18-35mer。
◆g-c含量控制在40-60%左右。
◆避免近3端有酶切位点或发夹结构。
◆如果可能避免在3端5个碱基有2个以上的g或c。
◆如果可能避免在3端1个碱基为a。
◆避免连续相同碱基的出现,---是要避免gggg或更多g出现。
◆退火温度tm控制在 58-60c 左右。
◆如果是设计点突变引物,突变点应尽可能在引物的中间。
21.为什么引物的od260/od280小于1.5 ?
答:引物应该全是dna,但是od260/od280的比值为什么那么低,怎么会有蛋白质污染?引物化学合成,哪里有机会污染到蛋白质?需要---的是od260/od280的比值不能用来衡量引物的纯度。od260/od280的比值过低一般是由于引物中c/t 的含量比较高所致。下表是一个20mer 同聚体引物的od260/od280的比值,荧光定量pcr,清楚表明od260/od280的比值与引物的碱基组成密切相关。
5.长可以合成多长的引物?
答:引物越长,pcr,出现问题的概率就越大。有的公司合成过120base的引物,产率很低。除非需要,建议合成片段长度不要超过80mer,按照目前的引物合---率,80mer的粗产品,全长(还不一定正确)引物的百分比不会超过40%,后续处理还有丢失很多,的产量很低。
6.需要合成多少od数?
答:根据实验目的确定。一般pcr扩增,pcr,2 od引物,可以做200-500次50ul标准pcr反应。如果是做基因拼接或退火后做连接,1 od就足够了。但是有些研究人员,就做几次pcr,但是却要5-10 od。做全基因构建的引物都比较长,但是我们有些研究人员也要求高od数。片段越长, 全长得率就越低,出错的几率就越大。超出需要之外的od数要求,其实也是对社会资源的一种浪费,同时也从一个侧面反映了部分研究人员---是新手的自信心不足,总觉得需要重复多次才能成功。
southern杂交
实验原理
southern印迹杂交(southern blot)是1975年由英---southern创建,是研究dna图谱的基本技术。southern印迹杂交是进行基因组dna特定序列定位的通用方法。一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经---性内切酶---的dnal片段,pcr引物设计,将胶上的dna变性并在原位将单链dnal片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放l射自显影或酶反应显色,从而检测特定dna分子的含量。
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