线粒体测序
线粒体是真核生物的重要细胞器，是生物体的能量工厂，参与能量代谢、信号转导、细胞凋亡等许多生命活动，对生物的生理活动起着---的作用。大部分线粒体基因由于其母系遗传特性以及进化速率较快等特点，被广泛地用于种群遗传学、进化生物学、谱系地理学和系统发育学、---诊断等学科领域。线粒体全基因组在生物进化的研究中具有的优势。由于线粒体有着与真核生物长期共生的进化历史，因此其基因组包含了反映物种进化的关键信息，同时，pcr，相对于核基因组，线粒体基因组小，容易对大量物种进行横向的比较分析，有利于生物进化的研究，因而受到进化生物学家的---。线粒体的组成可以从两个层面上反映物种及群体的遗传和进化，实时定量pcr，即---序列组成和基因组的结构特征，pcr引物设计，两者的特征具有不同的进化机制和进化速度，在进化生物学研究中可以---的互补。
甲l基化特---的pcr
herman 等（ 1996 ）在使用重---酸盐处理的基础上新建的一种方法。该方法敏感性高，主要用于作定性研究。用------盐处理基因组dna，所有未发生jia基化的胞嘧定被转化为尿嘧ding，而jia基化的胞嘧定不变；随后设计针对jia基化和非jia基化序列的引物进行pcr。通过电泳检测msp扩增产物，如果用针对处理后jia基化dna链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在jia基化；反之，说明被检测的位点不存在jia基化。
特点：适用范围广，能够检测特异位点是否发生jia基化。
------盐测序法（bisulfite sequencing pcr，bsp）
------盐修饰后测序法（ bsp ） frommer 等（ 1992 ）提出的研究 dna jia基化方法，此方法---性及jing确度高，能明确目的片段中每一个 cpg 位点的jia基化状态。用------盐处理基因组dna，所有未发生jia基化的胞嘧ding被转化为尿嘧ding，而jia基化的胞嘧ding不变。随后设计bsp引物进行pcr，在扩增过程中尿嘧定全部转化为胸腺嘧定，zui后对pcr产物进行测序就可以判断cpg位点是否发生jia基化，称为bsp-直接测序法。将pcr产物克long至载体后进行测序，可以提高测序成功率，pcr，这种方法称为bsp-ke隆测序法。
特点：jing确度高，能够准确检测出jia基化的程度百分比。
转录组重测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mrna的总和。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础，通过新一代高通量测序，能够快速的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于---诊断、基础研究和研发等领域。
转录组resequencing针对的是有参考基因组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定组织或细胞进行转录组测序，与参考基因组比较，可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。
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