lncrna测序
长链非编码rnas(long non-coding rnas,lncrnas)一般是指长度大于200 nt的rna,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以rna形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。
长链非编码rna测序(long non-coding rna sequencing,lncrna-seq)是一种使用特定方法降低样本中rrna 的丰度,对富集到的 rna进行---构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncrna-seq可---获得样本中全部的lncrnas信息,对lncrnas的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、---等)相关 lncrna信息。
16.长链引物为什么出错的几率非常高?
答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到100%,产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是---pcr扩增,不可能---扩增产物中没有突变,引物合成也不可能---100%正确。要知道,引物合成中发生错误(非人为因素)的频率,比任何高保---温聚合酶pcr扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成,长链引物合成,您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。
17.如果测序发现突变,该如何处理?
答:遇到这种情况,首先和---合成厂家取得联系,生产人员会检查生产的原始记录,主要是核对合成序列是否和定单一致,他们在电脑中一般会保留所有原始数据。在确认引物合成序列没有输错的情况下,建议重新挑取测序,可能会找到正确的。根据经验,40个碱基以下的引物,测1-2个就可以了;40个以上的---是用于全片段拼接合成的,---,就需要多测一些了。一般情况下,每个突变的位点都不一样,实时荧光定量pcr,提示正确的总是有的,就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次,不过重合的引物和次的引物一样,都可能含突变,不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。基因拼接过程中,如果发现一段区域突变点不多,就多测几个,---怎么做,否则就重合一下引物。
rna提取及注意事项
研究基因的表达和调控时,需要从组织或细胞中分离纯化rna。rna的高低经常影响rt-pcr、cdna库构建和northern blot等分子生物学实验的成败。
主要试剂
trizol是一种新型总rna抽提试剂,内含异---胍等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的---酶。
1.
trizol试剂含有,具有毒性和---性,注重操作。
2.
rnase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉,重庆pcr,注重配带手套,样品尽可能盖严。
3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率,因为一部分rna会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质(结缔组织和骨除外)。在清洗和裂解细胞时在低温下操作,防止在操作过程中释放的内源rnase降解了rna。
4. 酵母和一些---由于细胞壁的---结构,可以加入trizol试剂同时加入无rnase的玻璃珠并剧烈振荡,使细胞裂解充分。
2-8℃ 避光保存一年。
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