单细胞测序(英语:single cell sequencing)采取优化的下一代dna测序技术(ngs)检测单细胞的序列,可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。对个体细胞的dna测序可以帮助我们了解例如在中的小范围细胞的变异;对其进行rna测序可以帮助我们了解和鉴别不同的细胞类型与其表现的基因,对研究发育生物学等有较大裨益。
分离单细胞
在全基因组扩增和测序前,有很多方法可以分离细胞个体,其中流式细胞术(facs)较为常用。个体细胞可以用显微操作来收集,这样较为快捷而且成本较低,但是比较有技术难度,而且显微镜下对细胞的错误分类容易影响实验结果。激光捕获显微切割技术(lcm)亦可以用来收集单细胞。但是尽管激光捕获显微切割可以保留样本细胞在组织中的空间位置,但是捕获单细胞的时候容易连带周围细胞的物质。高通量的细胞个体分离还可以使用微流控技术。微流控技术和流式细胞技术都能准确而自动地分离无偏样本。但是,两种方法都要求首先将细胞从其为环境中脱离,因此可能在rna表达分析中造成对转录数据的干扰。
动物组织细胞基因组dna提取
操作步骤
1. 取新鲜或冰冻动物组织块0.1g(0.5cm3),尽量剪碎。置于玻璃匀浆器中,荧光定量pcr,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,转入1.5ml 离心管中,加入蛋白酶k
(500ug/ml)20μl,混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,也可转入37℃水浴12~24h,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另
一离心管中。
2.加2倍体积异,倒转混匀后,可以看见丝状物,用100ul 吸头挑出,凉干,用200ul te 重新溶解。(可进行pcr反应等,需要进一步纯化的按下列步骤进行)
3.加等量的酚??振荡混匀,离心12000 rpm,pcr,5min。
4.取上层溶液至另一管,加入等体积的?,振荡混匀,离心12000 rpm,5min。
5. 取上层溶液至另一管,加入1/2体积的7.5mol/l氨加入2倍体积的无水---,混匀后室温沉淀2min ,离心12000 rpm ,10min。
6.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉。
7.用1ml 70%---洗涤沉淀物1次,离心12000 rpm , 5min。
8.小心倒掉上清液,pcr实验室,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉,室温干燥。
9.加200ul te重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?c20℃保存备用。
10.吸取适量样品于genequant上检测浓度和纯度。
rna提取
1.弃去培养液,用pbs清洗两次1-2。
2.弃去pbs,用1000u1吸干净残余pbs。
3.加1ml trizol研磨b 41。
4. 1.5miep管标号与每孔相对应备用。
5.研磨好的溶液转移至对应的 ep管。
6.往每个ep管中加入250ul,剧烈震荡30s, 冰上静置12min[问l。
7. 所有样品4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 15min.
8. 再次标记一批同样编号ep管。
9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的ep管中,再加入400ul异充
分混匀。4c冰箱35min。
10. 4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 10min.
11.弃去.上清液,加1m175%---,轻摇7]。
12. 4c离心,10600转/分钟,时间: 5min.
13. 弃上清液滤纸吸干。
14. 加depc水10ul溶解,-80c保存。进行逆转录前测浓度。
组织rna提取
1、剪米粒大小组织块放入ep管中标号。
2、ep管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。
3、用研磨棒研磨,以肉眼很难看到组织为宜。
4、加700u1 trizol静 置5分钟。
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