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    2024-2-6

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分子与质粒载体构建


实验原理

外源dna与载体分子的连接就是dna重组,这样重新组合的dna叫做重组体或重组子。重组的dna分子是在dna连接酶的作用下,有mg2+、atp存在的连接缓冲系统中,将分别经酶切的载体分子与外源dna分子进行连接。dna连接酶有两种:t4噬菌体dna连接酶和大肠dna连接酶。两种dna连接酶都有将两个带有相同粘性末端的dna分子连在一起的功能,而且t4噬菌体dna连接酶还有—种大肠连接酶没有的特性,即能使两个平末端的双链dna分子连接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接效率低,一般可通过提高t4噬菌体dna连接酶浓度或增加dna浓度来提高平末端的连接效率。

t4噬菌体dna连接酶催化dna连接反应分为3步:,t4dna连接酶与辅助因子atp形成酶—amp复合物;然后,酶—amp复合物再结合到具有5’磷酸基和3’---切口的dna上,使dna腺苷化;后产生一个新的磷酸二酯键,把切口封起来。

dna重组的方法主要有粘端连接法和平端连接法,为了防止载体本身的自连,可以通过(牛碱性磷酸酶)cip处理克服。

连接反应的温度在37℃时有利于连接酶的活性.但是在这个温度下,粘性末端的氢键结合是不稳定的。因此人们找到了一个折中温度,即12-16℃,连接12-16h(过夜),这样既可大限度地发挥连接酶的活性,又---到短暂配对结构的稳定。






rna提取及注意事项



研究基因的表达和调控时,需要从组织或细胞中分离纯化rna。rna的高低经常影响rt-pcr、cdna库构建和northern blot等分子生物学实验的成败。

主要试剂

trizol是一种新型总rna抽提试剂,内含异---胍等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的---酶。

1.

trizol试剂含有,具有毒性和---性,注重操作。

2.

rnase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉,注重配带手套,样品尽可能盖严。

3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率,因为一部分rna会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质(结缔组织和骨除外)。在清洗和裂解细胞时在低温下操作,防止在操作过程中释放的内源rnase降解了rna。

4. 酵母和一些---由于细胞壁的---结构,可以加入trizol试剂同时加入无rnase的玻璃珠并剧烈振荡,使细胞裂解充分。

2-8℃ 避光保存一年。







关于引物的常见问题汇总:

1. 引物是如何合成的?

目前引物合成基本采用固相亚---胺三酯法。dna合成仪有很多种, 主要都是由abi/pe 公司生产,而bioneer自行研制的384并行高通量dna合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。

亚---胺三酯法合成dna,---多少钱,具有、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚---胺三酯法是将dna固定在固相载体上完成dna链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相邻的核苷酸通过3′***5′磷酸二酯键连接。

步是将预先连接在固相载体cpg上的活性基团被保护的核苷酸与---反应,脱去其5′----的保护基团dmt,获得游离的5′----。

第二步,合成dna的原料,亚---胺保护核苷酸单体,与活化剂四氮唑混合,得到核苷亚磷酸活化中间体,它的3′端被活化,5′----仍然被dmt保护,与溶液中游离的5′----发生缩合反应。

第三步,带帽(capping)反应,pcr引物设计,缩合反应中可能有数5′----没有参加反应(少于2%),用酐和1-咪唑终止其后继续发生反应,这种短片段可以在纯化时分离掉。

第四步,在氧化剂碘的作用下,亚---形式转变为更稳定的磷酸三酯。

经过以上四个步骤,pcr,一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以---脱去它的5′----上的保护基团dmt,重复以上步骤,直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察tca处理阶段的颜色判定合---率。

通过---高温处理,连接在cpg上的引物被切下来,通过opc,和page等手段纯化引物,---,成品引物用c18浓缩、脱盐,沉淀。沉淀后的引物用水悬浮,测定od260定量,根据定单要求分装。








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