pcr-pcr-南京英瀚斯生物科技

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    2024-3-12

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rip

技术概述

rip是研究体内蛋白与rna互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-rna”互作复合物,裂解细胞后,用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀,获得“靶蛋白-rna”互作复合物,去交联分离其中的rna;针对预测的靶蛋白结合rna的序列设计引物,

做qpcr实验,验证预测的rna是否与靶蛋白有结合,或者将分离出来的rna做高通量测序,筛选到可能与靶蛋白结合的rna。

技术流程


细胞交联-***细胞裂解-***免l疫共沉淀***去交联***rna分离***建库***高通量测序(或qpcr)。










2.引物纯化方式有哪些,如何选择?

◆ 脱盐

寡核苷酸合成后,为了纯化寡核苷酸成为天然的dna结构,首先必须去除保护基团。通过浓---处理,合成的寡核苷酸从固相载体---离,2-乙-----磷酸二脂键的保护基团,pcr,以及碱基的保护基团基(------基和异丁基)被去除,从而形成了天然的dna结构。然而,pcr实验室,---的去保护步骤完成后,寡核苷酸混合物还包含几种必须被去除的小分子有机化合物。所有非必须有机化合物被移除的过程通常叫做脱盐。脱盐纯化可以借助反向硅胶柱进行。尽管脱盐纯化可以移除所有的非必须有机杂质,但它不能有效移除合成中产生微量的提前终止的寡核苷酸杂链。然而,脱盐的寡核苷酸还是能够满足pcr检测等基础生物研究。

◆ biorp / opc纯化

如果寡核苷酸以“三---”的形式合成,则n-寡核苷酸包含5’-dmt基团,提前终止的寡核苷酸不包含该基团。因为dmt基有强的亲脂的特性,有5’-dmt基团的寡核苷酸与反相树脂有亲和性,pcr引物设计,因此反相亲和树脂通常被用于寡核苷酸的纯化。利用反向树脂和5’-dmt寡核苷酸存在强亲和力,但是提前终止的寡核苷酸不包含dmt基团,所以,我们能够成功的把想要的n-寡核苷酸从提前终止的寡核苷酸杂质中分离出来。






rna提取及注意事项



研究基因的表达和调控时,需要从组织或细胞中分离纯化rna。rna的高低经常影响rt-pcr、cdna库构建和northern blot等分子生物学实验的成败。

主要试剂

trizol是一种新型总rna抽提试剂,内含异---胍等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的---酶。

1.

trizol试剂含有,具有毒性和---性,注重操作。

2.

rnase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉,注重配带手套,样品尽可能盖严。

3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率,pcr,因为一部分rna会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质(结缔组织和骨除外)。在清洗和裂解细胞时在低温下操作,防止在操作过程中释放的内源rnase降解了rna。

4. 酵母和一些---由于细胞壁的---结构,可以加入trizol试剂同时加入无rnase的玻璃珠并剧烈振荡,使细胞裂解充分。

2-8℃ 避光保存一年。







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