dna测序检测
1. pcr测序反应
(1)取0.2ml的pcr管,用记号笔编号,将管插在颗粒冰中,按下表加试剂:
所加试剂测定模板管标准对照管
bigdye mix
1μl
1μl
待测的质粒dna
1μ 1
pgem-3zf (+)双链dna
-1μ1
待测dna的正向引物
1μ 1
m13(-21)引物- 1μ 1
灭菌去离子水
2μ 1
2μ 1
总反应体积5μ 1,不加轻矿物油或石蜡油,盖紧pcr管,用手指弹管混匀,稍离心。
(2)将pcr管置于9600或2400型pcr仪.上进行扩增。98c变性2min后进行pcr循环,
pcr循环参数为96c 10s, 50c 5s, 60°c4min, 25 个循环,扩增结束后设置4c保温。
2.---法纯化pcr产物
(1) 将混合物离心,将扩增产物转移到1.5ml ep管中。
(2)加入25μ 1/---混合液,充分振荡,置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于
4c离心30 min,小心弃上清。
(3)加70%(v/v)的---50μ 1 洗涤沉淀2次。12 000r/min 于4c离心5min,小心弃上清和
管壁的液珠,真空干燥沉淀10~ 15min。
3.电泳前测序pcr产物的处理。
(1)加入12μ 1的tsr于离心管中,剧烈振荡,让其充分溶解dna沉淀,稍离心。
(2)将溶液转移至盖体分离的0.2ml pcr管中,稍离心。
(3)在pcr仪上进行热变性(95c 2min),冰中骤冷,待_上机。
4..上机操作按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立
运行的测序顺序文件。
5.仪器将自动进行序列分析,并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知,可通过
序列比较以星号标出差异碱基处,提高工作效率。
6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与保养。
15.测序发现引物有突变是怎么回事?
答:测序发现引物区域有突变,---是40个碱基以下的引物,---怎么做, 发生的概率不大,但是肯定也会发生。用户一般可以放心,引物序列一般都是通过电脑直接将您的序列copy到合成仪的,碱基输错的机会不多。---合成公司一般会有一套控制办法,预防碱基输入错误。发生这种突变的原因有很多解释,人们还没有办法解决这个问题。引物合成的固相合成原理都一样,采用的机器也基本相同,合成主要原料都是由可数的几家跨国公司提供的,所有每个合成服务商遇到的问题也基本类似,没有人可以超脱。
引物合成是一种多步骤的化学反应,合成也就是99%,副产品不可以避免。引物序列中插入突变往往是碱基重复,一般认为,偶连过程中,正在偶连的部分单体发生丢失dmt,实时荧光定量pcr,导致单体又接了上去,故发生插入同一碱基的突变。至于缺失突变,一般认为是一般认为是带帽(capping)反应不造成的,caping反应主要是封闭数5′----没有参加反应单体。---闭的引物,在下一轮偶连时将不能继续参与合成。对于碱基置换的突变,产生的原因一般认为是碱基不能100%脱保护,即引物上可能含有残留保护基团,引物的这些区域不能---地与互补链配对,当扩增的产品被亚转化到大肠中,可能被---中修复系统补上了非配对的碱基。置换突变通常发生在g 转换成其它碱基。碱基g在一定条件下可以转化为烯醇异构体 (脱呤),2,6 diaminopurine ,fish检测, dna和扩增过程中dna聚合酶将2,6 diaminopurine看作碱基a,测序就会发现碱基g-a置换。脱呤现象在富含呤的引物中发生的频率较高。脱呤的引物在引物后处理脱保护阶段如果被降解,测序就会发现碱基g或a的缺失。
引物合成过程中,造成碱基插入,缺失,置换突变的因素客观存在,有不少降低发生的频率建议和措施,但是这些措施还停留在实验室阶段,还没有能够应用到规模化生产中。
蛋白质双向电泳实验流程
1.---yi酸-bing酮沉淀法提取蛋白
2.双向电泳分离待测样品
(1)一相等电---前处理按照所用仪器的厂商提供操作手册进行。蛋白质上样浓度不要超过10mg/ml,否则会造成蛋白质的---或沉淀。
(2)等电---完毕后(约需24hr),若不立即进行第二相电泳,眉山pcr,胶条可夹在两层塑料薄膜中于-70℃保存数月。
(3)等电---好的胶条按厂商提供的操作手册平衡两次。平衡完毕后,于电泳仪上用12.5%sds-page凝胶进行电泳分离。仪器设置为2.5w/胶 45min,15w/胶 5-8hr,20℃。
3.银染法对凝胶进行染色
(1)固定(2)清洗(3)增敏(4)清洗(5)染色(6)清洗(7)显影(8)定影(9)水洗
3.凝胶扫描及图像分析
(1)图像扫描:凝胶染色后采用image scanner以300dpi,16-bit模式(65536灰阶)进行扫描。
(2)图像分析:扫描完毕后,凝胶继续置于1%yi酸中于4℃保存。扫描后的图像用imagemaster 2d platinum software软件进行分析。分析按照软件厂商提供的说明书进行。以zui小点面积30,平滑度2为主要参数zui大限度检测蛋白质点。以目标蛋白质3个重复具有相同趋势,目标蛋白质相邻位点的相对一致性,至少2个重复有2倍以上差异作为判定差异表达蛋白质的标准。
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