分子生物工程-英瀚斯-南京分子生物

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    2020-8-2

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分子实验介绍——荧光定量pcr检测

荧光定量pcr是检测生物样品中rna含量的普遍的方法,南京分子生物,通过荧光染料或荧光标记的特---的探针,对pcr产物进行标记---,实时在线监控反应过程,结合相应的软件可以对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度。目前主要使用sybr green和taqman法对rna含量进行检测。sybr green在低样本量时成本较低,分子生物学服务,目前选用的较多。

sybr green i是一种只与dna双链结合的荧光染料。当它与dna双链结合时,发出荧光;从dna双链上释放出来时,荧光信号急剧减弱。因此,在一个体系内,其信号强度代表了双链dna分子的数量。sybr green荧光染料法定量pcr的基本过程是:1、开始反应,当sybr green染料与dna双链结合时发出荧光。2、dna变性时,sybr green染料释放出来,荧光急剧减少。3、在聚合延伸过程中,引物退火并形成pcr产物。4、聚合完成后,sybr green染料与双链产物结合,分子生物工程,定量pcr系统检测到荧光的净增量加大。

实验流程:细胞或组织rna提取-rna浓度检测-rna逆转录-定量pcr检测。

结果示例:




图 a 基因扩增曲线图;b 基因扩增溶解曲线图;c mrna相对表达量变化

从图中可以扩增曲线可以看出目的rna扩增效果,溶解曲线可以看出引物识别特---情况,通过使用δδct方法计算可以得到每个组中目的mrna表达变化。







单核苷酸多态性( snp )实验

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的---序列多态性(polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。

实验方法原理:

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的---序列多态性(polymorphism)。据估计,分子生物检测,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于---性段长度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。snp是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个snp位点。-般认为,相邻的snps倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的snp等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多snp位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签snps(tagsnp)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。




rna提取

1.弃去培养液,用pbs清洗两次1-2。

2.弃去pbs,用1000u1枪吸干净残余pbs。

3.加1ml trizol研磨b 41。

4. 1.5miep管标号与每孔相对应备用。

5.研磨好的溶液转移至对应的 ep管。

6.往每个ep管中加入250ul,剧烈震荡30s, 冰上静置12min[问l。

7. 所有样品4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 15min.

8. 再次标记一批同样编号ep管。

9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的ep管中,再加入400ul异充

分混匀。4c冰箱35min。

10. 4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 10min.

11.弃去.上清液,加1m175%---,轻摇7]。

12. 4c离心,10600转/分钟,时间: 5min.

13. 弃上清液滤纸吸干。

14. 加depc水10ul溶解,-80c保存。进行逆转录前测浓度。

组织rna提取

1、剪米粒大小组织块放入ep管中标号。

2、ep管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。

3、用研磨棒研磨,以肉眼很难看到组织为宜。

4、加700u1 trizol静 置5分钟。



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