分子实验介绍——荧光定量pcr检测
荧光定量pcr是检测生物样品中rna含量的普遍的方法,通过荧光染料或荧光标记的特---的探针,对pcr产物进行标记---,分子生物检测试剂,实时在线监控反应过程,结合相应的软件可以对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度。目前主要使用sybr green和taqman法对rna含量进行检测。sybr green在低样本量时成本较低,目前选用的较多。
sybr green i是一种只与dna双链结合的荧光染料。当它与dna双链结合时,发出荧光;从dna双链上释放出来时,荧光信号急剧减弱。因此,在一个体系内,其信号强度代表了双链dna分子的数量。sybr green荧光染料法定量pcr的基本过程是:1、开始反应,当sybr green染料与dna双链结合时发出荧光。2、dna变性时,sybr green染料释放出来,荧光急剧减少。3、在聚合延伸过程中,引物退火并形成pcr产物。4、聚合完成后,sybr green染料与双链产物结合,定量pcr系统检测到荧光的净增量加大。
实验流程:细胞或组织rna提取-rna浓度检测-rna逆转录-定量pcr检测。
结果示例:
图 a 基因扩增曲线图;b 基因扩增溶解曲线图;c mrna相对表达量变化
从图中可以扩增曲线可以看出目的rna扩增效果,溶解曲线可以看出引物识别特---情况,通过使用δδct方法计算可以得到每个组中目的mrna表达变化。
基因组甲l基化水平(methyl ati on content)的分析:
1.高l效液相色谱(hi gh-performanceli qui dchromatography, hplc)hplc是- -种比较传统的方法,是根据dna或蛋白分子量和构象的不同而使其加以分离。由于在动态相和静态相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。随着系统的压强的增加,其分辨率增l高。故而能够定量测定基因组整体水平dna甲l基化水平。该方法由ruo等1980年首l次---。过程是将dna样品先经---或氢l氟酸水解成碱基,细胞分子生物学检测,水解产物通过色谱柱,结果与标准品比较,用紫外光测定吸收峰值及其量,计算5 mc/(5mc+5c)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。这是一种检测dna甲l基化水平的标准方法。
2.高l效毛细管电泳法(hi gh-per formance capillary electrophoresis, hpce)这是一-种利用窄孔熔融石英毛细管来从复合物中分离不同化学组分的技术。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷,大小,结构以及疏水性等不同而相互分开。用hipce方法处理dna水解产物来确定5mc水平,分子生物检测,简便,经济且敏感性高。
分子生物学检测
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