蛋白质质谱鉴定服务
蛋白质(protein)是有机大分子,是构成细胞的基本有机物和生命活动的主要承担者。蛋白质在催化生命体内各种反应进行、---、抵御外来物质入l侵及控制遗传信息等方面都起着重要的作用。蛋白质的一级结构是---酸序列,通过鉴定---酸序列来匹配它的蛋白质,这是定性研究,是蛋白质组学的基础,也是蛋白质组学的重要技术之一。
质谱一般由离子源、分析器(mass ---yzer)和离子检测器(detector)三部分组成。传统的质谱仅用于小分子挥发物质的分析,但随着新的离子化技术的出现,如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(maldi-tof)和电喷雾电离质谱(esi-ms)等,聚合酶链式反应(pcr)实验,质谱技术的出现为蛋白质分析提供了一种新的途径。现在蛋白质组学基本研究手段是:以生物质谱技术为---,对蛋白质进行---、高通量分离、鉴定和分析。
蛋白质质谱鉴定的基本原理是用蛋白酶将蛋白质---成肽段混合物,经maildi或esi等软电离手段将其离子化,然后通过分析器将具有特定质核比的肽段离子分离开来。通过实际谱图和理论上蛋白质经过蛋白酶---后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行的比对,进行蛋白鉴定。
rna提取
1.弃去培养液,用pbs清洗两次1-2。
2.弃去pbs,用1000u1枪吸干净残余pbs。
3.加1ml trizol研磨b 41。
4. 1.5miep管标号与每孔相对应备用。
5.研磨好的溶液转移至对应的 ep管。
6.往每个ep管中加入250ul,剧烈震荡30s, 冰上静置12min[问l。
7. 所有样品4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 15min.
8. 再次标记一批同样编号ep管。
9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的ep管中,再加入400ul异充
分混匀。4c冰箱35min。
10. 4c离心,转速: 13500转1分钟,时间: 10min.
11.弃去.上清液,加1m175%---,轻摇7]。
12. 4c离心,10600转/分钟,时间: 5min.
13. 弃上清液滤纸吸干。
14. 加depc水10ul溶解,-80c保存。进行逆转录前测浓度。
组织rna提取
1、剪米粒大小组织块放入ep管中标号。
2、ep管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。
3、用研磨棒研磨,以肉眼很难看到组织为宜。
4、加700u1 trizol静 置5分钟。
外显子测序
外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组dna进行高通量测序,它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止,已有超过1万个外显子组被测序。
如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂,包括罗氏nimblegen、安捷伦、illumina,还有现在的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在
除了文中提到了三个主流平台,外显子组捕获方面的新产品也在不断推出,研究人员的选择也将更广泛。罗氏nimblegen即将推出新一代的外显子液相捕获产品。这一新产品将可捕获64m的基因组序列,包括外显子以及mirna,它含与其他nimblegen液相捕获产品相同的2.1m高密度探针,以高xiao、均一、特异、的定向捕获。
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