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基因组甲l基化水平(methyl ati on content)的分析:

1.高l效液相色谱(hi gh-performanceli qui dchromatography，广安pcr， hplc)hplc是- -种比较传统的方法，是根据dna或蛋白分子量和构象的不同而使其加以分离。由于在动态相和静态相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。随着系统的压强的增加，其分辨率增l高。故而能够定量测定基因组整体水平dna甲l基化水平。该方法由ruo等1980年首l次---。过程是将dna样品先经---或氢l氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，结果与标准品比较，用紫外光测定吸收峰值及其量，计算5 mc/(5mc+5c)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。这是一种检测dna甲l基化水平的标准方法。

2.高l效毛细管电泳法(hi gh-per formance capillary electrophoresis， hpce)这是一-种利用窄孔熔融石英毛细管来从复合物中分离不同化学组分的技术。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷，大小，结构以及疏水性等不同而相互分开。用hipce方法处理dna水解产物来确定5mc水平，简便，经济且敏感性高。

外显子测序

外显子组测序（exome-seq）是对定向富集的基因组dna进行高通量测序，它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年，外显子组捕获工具的出现，让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止，已有超过1万个外显子组被测序。

如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂，包括罗氏nimblegen、安捷伦、illumina，还有现在的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣，斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在上。研究人员利用安捷伦、illumina和nimblegen的外显子组测序平台对同一个人类---样品进行分析。他们的结 果表明，nimblegen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台，尽管覆盖了较少的基因组区域，但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也少。在同样获得80m测序数据的情况下，nimblegen有97%的目标序列达到10x以上的测序---，而其他产品只有90%。而安捷伦和illumina的探针能够在低密度下捕获更多数量的变异。此外，illumina还捕获了未翻译的区域，这是nimblegen和安捷伦平台无法靶定的。研究人员还比较了同一样品的外显子组测序和全基因组测序（wgs），显示外显子组测序能够检测到wgs错过的小变异。

除了文中提到了三个主流平台，外显子组捕获方面的新产品也在不断推出，研究人员的选择也将更广泛。罗氏nimblegen即将推出新一代的外显子液相捕获产品。这一新产品将可捕获64m的基因组序列，包括外显子以及mirna，它含与其他nimblegen液相捕获产品相同的2.1m高密度探针，以高xiao、均一、特异、的定向捕获。