2.引物纯化方式有哪些,吉林pcr,如何选择?
◆ 脱盐
寡核苷酸合成后,实时荧光定量pcr,为了纯化寡核苷酸成为天然的dna结构,首先必须去除保护基团。通过浓---处理,合成的寡核苷酸从固相载体---离,2-乙-----磷酸二脂键的保护基团,以及碱基的保护基团基(------基和异丁基)被去除,从而形成了天然的dna结构。然而,---的去保护步骤完成后,寡核苷酸混合物还包含几种必须被去除的小分子有机化合物。所有非必须有机化合物被移除的过程通常叫做脱盐。脱盐纯化可以借助反向硅胶柱进行。尽管脱盐纯化可以移除所有的非必须有机杂质,但它不能有效移除合成中产生微量的提前终止的寡核苷酸杂链。然而,脱盐的寡核苷酸还是能够满足pcr检测等基础生物研究。
◆ biorp / opc纯化
如果寡核苷酸以“三---”的形式合成,则n-寡核苷酸包含5’-dmt基团,提前终止的寡核苷酸不包含该基团。因为dmt基有强的亲脂的特性,有5’-dmt基团的寡核苷酸与反相树脂有亲和性,因此反相亲和树脂通常被用于寡核苷酸的纯化。利用反向树脂和5’-dmt寡核苷酸存在强亲和力,fish检测,但是提前终止的寡核苷酸不包含dmt基团,所以,我们能够成功的把想要的n-寡核苷酸从提前终止的寡核苷酸杂质中分离出来。
聚合酶链式反应(pcr)
操作步骤
1.在冰浴中,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。
1qpcr buffer
5 μl
dntp mix( 2mm )
4 μl
引物1(10pm)
μl 2
引物2 ( 10pm)
2μl
taq酶(2u/ul)
1 μl
dna模板( 50ng-1μg/μl )
1 μl
加ddh2o至
μl 50
视pcr仪有无热盖,不加或添加石蜡油。
2.调整好反应程序。将上述混合液稍加离心,立即置pcr仪上执行扩增。-般:在93°c
预变性3-5min ,进入循环扩增阶段: 93°c 40s***58°c 30s***72°c 60s ,循环30-35
次,后在72°c保温7min。
3.结束反应, pcr产物放置于4°c待电泳检测或-20°c长期保存。
4. pcr的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100ul进行抽提反应混合液,以
除去石蜡油;否则,直接取5- 10μl电泳检测。
单细胞测序(英语:single cell sequencing)采取优化的下一代dna测序技术(ngs)检测单细胞的序列,可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。对个体细胞的dna测序可以帮助我们了解例如在中的小范围细胞的变异;对其进行rna测序可以帮助我们了解和鉴别不同的细胞类型与其表现的基因,对研究发育生物学等有较大裨益。
分离单细胞
在全基因组扩增和测序前,有很多方法可以分离细胞个体,其中流式细胞术(facs)较为常用。个体细胞可以用显微操作来收集,这样较为快捷而且成本较低,但是比较有技术难度,而且显微镜下对细胞的错误分类容易影响实验结果。激光捕获显微切割技术(lcm)亦可以用来收集单细胞。但是尽管激光捕获显微切割可以保留样本细胞在组织中的空间位置,但是捕获单细胞的时候容易连带周围细胞的物质。高通量的细胞个体分离还可以使用微流控技术。微流控技术和流式细胞技术都能准确而自动地分离无偏样本。但是,两种方法都要求首先将细胞从其为环境中脱离,因此可能在rna表达分析中造成对转录数据的干扰。
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