pcr-英瀚斯-pcr实验室

外显子测序

外显子组测序（exome-seq）是对定向富集的基因组dna进行高通量测序，它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年，外显子组捕获工具的出现，让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止，已有超过1万个外显子组被测序。

如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂，包括罗氏nimblegen、安捷伦、illumina，还有现在的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣，pcr引物设计，斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在上。研究人员利用安捷伦、illumina和nimblegen的外显子组测序平台对同一个人类---样品进行分析。他们的结 果表明，nimblegen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台，尽管覆盖了较少的基因组区域，pcr检测，但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也少。在同样获得80m测序数据的情况下，nimblegen有97%的目标序列达到10x以上的测序---，而其他产品只有90%。而安捷伦和illumina的探针能够在低密度下捕获更多数量的变异。此外，illumina还捕获了未翻译的区域，这是nimblegen和安捷伦平台无法靶定的。研究人员还比较了同一样品的外显子组测序和全基因组测序（wgs），显示外显子组测序能够检测到wgs错过的小变异。

除了文中提到了三个主流平台，外显子组捕获方面的新产品也在不断推出，研究人员的选择也将更广泛。罗氏nimblegen即将推出新一代的外显子液相捕获产品。这一新产品将可捕获64m的基因组序列，包括外显子以及mirna，它含与其他nimblegen液相捕获产品相同的2.1m高密度探针，pcr，以高xiao、均一、特异、的定向捕获。