关于引物的常见问题汇总:
1. 引物是如何合成的?
目前引物合成基本采用固相亚---胺三酯法。dna合成仪有很多种, 主要都是由abi/pe 公司生产,而bioneer自行研制的384并行高通量dna合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,pcr引物设计,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。
亚---胺三酯法合成dna,具有、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚---胺三酯法是将dna固定在固相载体上完成dna链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相邻的核苷酸通过3′***5′磷酸二酯键连接。
步是将预先连接在固相载体cpg上的活性基团被保护的核苷酸与---反应,脱去其5′----的保护基团dmt,获得游离的5′----。
第二步,合成dna的原料,亚---胺保护核苷酸单体,与活化剂四氮唑混合,得到核苷亚磷酸活化中间体,它的3′端被活化,5′----仍然被dmt保护,与溶液中游离的5′----发生缩合反应。
第三步,带帽(capping)反应,缩合反应中可能有数5′----没有参加反应(少于2%),用酐和1-咪唑终止其后继续发生反应,这种短片段可以在纯化时分离掉。
第四步,在氧化剂碘的作用下,亚---形式转变为更稳定的磷酸三酯。
经过以上四个步骤,一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以---脱去它的5′----上的保护基团dmt,重复以上步骤,直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察tca处理阶段的颜色判定合---率。
通过---高温处理,连接在cpg上的引物被切下来,通过opc,实时定量pcr,和page等手段纯化引物,成品引物用c18浓缩、脱盐,沉淀。沉淀后的引物用水悬浮,测定od260定量,根据定单要求分装。
7.如何检测引物的纯度?
答:实验室方便的作法是用page方法。使用加有7m尿素的16%的聚---凝胶进行电泳。取0.2-0.5od的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,西安pcr,上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600v电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光tlc板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用eb 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供maldi-tof质谱qc控制,从而保障了合成的准确率:
bioneer使用多重maldi-tof质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。bioneer是上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用maldi-tof质谱仪检测进行核苷酸qc检测的厂商,而且免费提供质谱数据。
8.如何计算引物的浓度?
答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,pcr检测,加水的体积(微升)按下列方式计算:v (微升)= od数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。
注意:1 od260= 33 ug/ml.
蛋白质定量组学服务
细胞内蛋白质组丰度的动态变化对不同生命过程有重要影响。例如在许多---的发生和发展进程中,常常伴随着某些蛋白质的表达异常。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(label free)定量策略,其中标记策略又分为体内标记(如 silac、15n 标记),以及体外标记(如 itraq、tmt 标记) 。
传统的基于2d双向凝胶电泳分离的蛋白质组通常可以鉴定出约1000种蛋白,对全蛋白质组的覆盖仅在5~10%左右,不能满足高通量定量蛋白质表达谱分析的要求。我们结合样品制备与高分辨率、高灵敏度的液相色谱-质谱联用技术,可在细胞与组织类样品中鉴定直至多于10000个蛋白,对全蛋白质组的覆盖>;60%。结合生物信息学分析,为您构建高通量蛋白质定量表达谱。
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