动物组织细胞基因组dna提取
操作步骤
1. 取新鲜或冰冻动物组织块0.1g(0.5cm3),尽量剪碎。置于玻璃匀浆器中,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,转入1.5ml 离心管中,加入蛋白酶k
(500ug/ml)20μl,混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,也可转入37℃水浴12~24h,fish检测,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另
一离心管中。
2.加2倍体积异,倒转混匀后,可以看见丝状物,用100ul 吸头挑出,凉干,用200ul te 重新溶解。(可进行pcr反应等,需要进一步纯化的按下列步骤进行)
3.加等量的酚??振荡混匀,离心12000 rpm,5min。
4.取上层溶液至另一管,加入等体积的?,振荡混匀,离心12000 rpm,5min。
5. 取上层溶液至另一管,加入1/2体积的7.5mol/l氨加入2倍体积的无水---,混匀后室温沉淀2min ,离心12000 rpm ,10min。
6.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉。
7.用1ml 70%---洗涤沉淀物1次,离心12000 rpm , 5min。
8.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉,pcr引物设计,室温干燥。
9.加200ul te重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?c20℃保存备用。
10.吸取适量样品于genequant上检测浓度和纯度。
25.pcr扩增不出就引物有问题吗?
答:基本不是。当今发展出各色各样的pcr扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决pcr扩增中遇到的扩不出、扩增效率低的问题。如巢式pcr就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。 有些重复片段的扩增, gc含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。
引物扩增不出,主要是下列两种情况比较常见:
(1) rt-pcr。请注意,很多基因通过常规rt -pcr方法是很难扩增出来的。 rt- pcr成功的关键在于rt的反应的rna和目标基因在特定组织和细胞中含量。
(2)从基因组中扩增。一般情况下,宁夏pcr,基因在基因组中都是单拷贝,基因组作为模板需要严格控制用量。基因组dna过高,会影响反应体系中的mg和ph
20.primer设计的基本原则是什么?
答:引物设计的下列原则供您参考。
◆引物长度一般在18-35mer。
◆g-c含量控制在40-60%左右。
◆避免近3端有酶切位点或发夹结构。
◆如果可能避免在3端5个碱基有2个以上的g或c。
◆如果可能避免在3端1个碱基为a。
◆避免连续相同碱基的出现,---是要避免gggg或更多g出现。
◆退火温度tm控制在 58-60c 左右。
◆如果是设计点突变引物,突变点应尽可能在引物的中间。
21.为什么引物的od260/od280小于1.5 ?
答:引物应该全是dna,pcr检测,但是od260/od280的比值为什么那么低,怎么会有蛋白质污染?引物化学合成,哪里有机会污染到蛋白质?需要---的是od260/od280的比值不能用来衡量引物的纯度。od260/od280的比值过低一般是由于引物中c/t 的含量比较高所致。下表是一个20mer 同聚体引物的od260/od280的比值,清楚表明od260/od280的比值与引物的碱基组成密切相关。
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