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单细胞rna测序

单细胞rna测序也称scrna-seq。通常而言,天津pcr,一般的组织细胞rna-seq实验会产生1000万个读数,如果一个基因的频率超过50rpkm,即每百万读数中每千个碱基中超过50个,这一基因即被认为有表达。泊松分布下,1kb长的基因有超过500个读数和4%的小变异系数,即cv值;哺乳动物细胞通产含有200,000个mrna,因此至少要用50个单细胞一起才能到达小cv值;考虑到逆转录的效率和环境干扰等因素,为得到准确的表达和细胞种类的识别,需要使用的细胞数量实际要更多。





mirna测序

microrna(mirna)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子rna,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链rna前体经过dicer酶加工后生成,不同于sirna(双链)但是和sirna密切相关。microrna通过和靶基因mrna碱基配对引导沉默复合体(risc)降解mrna或抑制mrna的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(新发现mirna也能在转录水平调控基因表达)。mirna在物种进化中相当保守,---怎么做,在动物、植物和---等中发现的mirna表达均有严格的组织特---和时序性。mirna在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究mirna的方法主要是realtime-pcr、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的mirna测序,可以一次获得数百万条mirna序列,---多少钱,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同---状态下已知和未知的mirna及其表达差异,为研究mirna对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。





rna提取预备工作

rna酶(rnase)是导致rna降解主要的物质。此酶非常稳定,在一些的条件下只可暂时失活,但---因素去除后又迅速恢---性。常规高温高压灭菌方法和蛋白抑制ji不能使所有的rnase完全失活。

1.它广泛存在于人的皮肤上,因此制备rna时必须戴手套

2.rnase的又一污染源是取液器。根据取液器制造商的要求对取液器进行处理。一般情况下采用以depc配制的70%---擦洗取液器的内部和外部,可基本达到要求。

3. 塑料制品、玻璃和金属物品的处理

(1)塑料制品:尽量使用---无菌塑料制品。已标明rnase-free的塑料制品,如没有开封使用过,通常不必再处理。



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